Uso dei codoni
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Uso dei codoni
Il calcolatore mostra quanto spesso un gene usa un certo codone rispetto ai suoi sinonimi e se quel codone è preferito o evitato: utile, per esempio, prima di ottimizzare un gene per l’espressione.
Come funziona il calcolo
Il codice genetico è degenerato: la maggior parte degli amminoacidi è codificata da due, tre, quattro o sei codoni sinonimi (metionina e triptofano da uno solo). Vengono calcolati tre indicatori. Quota del codone = n / N_aa × 100 %, dove n è il numero di occorrenze del codone e N_aa il totale dei codoni di quell’amminoacido. RSCU, uso relativo dei codoni sinonimi (Sharp, Tuohy e Mosurski, 1986) = n / (N_aa / k), con k numero di sinonimi. Frequenza per mille = n / N_totale × 1000, il formato delle tabelle di uso dei codoni come il database Kazusa.
L’RSCU confronta il conteggio osservato con quello atteso se tutti i sinonimi fossero usati in modo uguale. RSCU = 1 indica assenza di preferenza; sopra 1 codone preferito; sotto 1 codone evitato; il valore massimo possibile è k. Inserisci il conteggio del codone, il totale dei codoni dell’amminoacido, il numero di sinonimi (1–6) e la lunghezza del gene in codoni.
Esempio svolto
Un amminoacido a quattro codoni, come l’alanina, compare 100 volte in un gene e il codone studiato 30 volte. Quota = 30 / 100 = 30 %. Con uso uniforme ci si aspetterebbero 100 / 4 = 25 occorrenze, quindi RSCU = 30 / 25 = 1,2: codone preferito. In un gene di 1000 codoni la frequenza è 30 per mille. Al contrario, un codone della leucina (sei sinonimi) visto 5 volte su 100 ha RSCU = 5 / (100/6) = 0,3: chiaramente evitato.
Cosa tenere presente
- Con conteggi piccoli il risultato è instabile: 2 su 4 dà RSCU 2,0 per un amminoacido a quattro codoni e non significa quasi nulla.
- Per l’espressione eterologa confronta con la tabella dei codoni dell’organismo ospite, non con un solo gene.
- I codoni di stop formano un proprio gruppo di sinonimi (tre nel codice standard), ma di solito si analizzano a parte.
- Per valutare un intero gene si usa il Codon Adaptation Index (CAI; Sharp e Li, 1987), costruito a partire dall’RSCU.
Maggiori informazioni: Uso dei codoni
Cosa calcola
La calcolatrice «Uso dei codoni» calcola Uso del codone in % da 4 parametri: occorrenze del codone, tutti i codoni di questo amminoacido, codoni sinonimi dell'amminoacido, codoni totali nel gene.
Un calcolo di laboratorio in biologia e biologia molecolare.
Esempio di calcolo
Con i parametri Occorrenze del codone = 30, Tutti i codoni di questo amminoacido = 100, Codoni sinonimi dell'amminoacido = 4, Codoni totali nel gene = 1000 il risultato è 30 %.
Come si usa
- Inserisci occorrenze del codone, tutti i codoni di questo amminoacido, codoni sinonimi dell'amminoacido e codoni totali nel gene — ogni campo sopra è regolabile con un cursore.
- Uso del codone (%) viene calcolato automaticamente mentre digiti.
- Guarda l'esempio qui sotto per vedere la formula applicata a numeri reali.
- Copia il risultato o aggiungi questa calcolatrice ai preferiti.
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Domande frequenti
Cosa significa un RSCU maggiore di 1?
Che differenza c’è tra quota e frequenza per mille?
Dove trovo i conteggi?
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