Uso de codones
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Uso de codones
La calculadora muestra con qué frecuencia un gen usa un codón concreto frente a sus sinónimos y si ese codón es preferido o evitado, algo útil antes de optimizar un gen para su expresión.
Cómo funciona el cálculo
El código genético es degenerado: casi todos los aminoácidos se codifican con dos, tres, cuatro o seis codones sinónimos (metionina y triptófano solo con uno). Se calculan tres indicadores. Proporción del codón = n / N_aa × 100 %, donde n es el número de veces que aparece y N_aa el total de codones de ese aminoácido. RSCU, uso relativo de codones sinónimos (Sharp, Tuohy y Mosurski, 1986) = n / (N_aa / k), siendo k el número de sinónimos. Frecuencia por mil = n / N_total × 1000, el formato de las tablas de uso de codones como la base de datos Kazusa.
El RSCU compara el recuento observado con el esperado si todos los sinónimos se usaran por igual. RSCU = 1 indica ausencia de sesgo; por encima de 1, codón preferido; por debajo, codón evitado; el máximo posible es k. Introduce el recuento del codón, el total de codones de su aminoácido, el número de sinónimos (1–6) y la longitud del gen en codones.
Ejemplo resuelto
Un aminoácido de cuatro codones, como la alanina, aparece 100 veces en un gen y el codón estudiado, 30. Proporción = 30 / 100 = 30 %. Con uso uniforme se esperarían 100 / 4 = 25, así que RSCU = 30 / 25 = 1,2: codón preferido. En un gen de 1000 codones su frecuencia es de 30 por mil. En cambio, un codón de leucina (seis sinónimos) que aparece 5 veces de 100 tiene RSCU = 5 / (100/6) = 0,3: claramente evitado.
Qué tener en cuenta
- Con recuentos pequeños el resultado es inestable: 2 de 4 da un RSCU de 2,0 en un aminoácido de cuatro codones y apenas significa nada.
- Para expresión heteróloga compara con la tabla de codones del organismo hospedador, no con un solo gen.
- Los codones de parada forman su propio grupo de sinónimos (tres en el código estándar), pero suelen analizarse aparte.
- Para valorar un gen completo se usa el índice de adaptación de codones (CAI; Sharp y Li, 1987), construido a partir del RSCU.
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Qué calcula
La calculadora «Uso de codones» calcula Uso del codón en % a partir de 4 parámetros: recuento del codón, todos los codones de este aminoácido, codones sinónimos del aminoácido, codones totales en el gen.
Un cálculo de laboratorio en biología y biología molecular.
Ejemplo de cálculo
Con los parámetros Recuento del codón = 30, Todos los codones de este aminoácido = 100, Codones sinónimos del aminoácido = 4, Codones totales en el gen = 1000 el resultado es 30 %.
Cómo usar
- Introduce recuento del codón, todos los codones de este aminoácido, codones sinónimos del aminoácido y codones totales en el gen — cada campo de arriba se ajusta con un control deslizante.
- Uso del codón (%) se calcula automáticamente mientras escribes.
- Consulta el ejemplo de abajo para ver la fórmula aplicada a números reales.
- Copia el resultado o guarda esta calculadora en marcadores.
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Preguntas frecuentes
¿Qué significa un RSCU mayor que 1?
¿En qué se diferencian la proporción y la frecuencia por mil?
¿De dónde saco los recuentos?
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